Crijevna flora, ili crijevna mikrobiota, je naziv za sve mikroorganizme koji žive u crijevnom traktu. Kod beba, crijevna flora se prvo mora nastaniti i razviti. Različite studije pokazuju da kolonizacija crijeva počinje već u materici. Kod novorođenčadi, crijevna flora se vremenom mijenja. Zdrava crijevna flora je važna osnova za opšte zdravlje. Zato su dobre bakterije crijeva (kao što su bifidobakterije i laktobacili) važne za borbu protiv patogenih bakterija. Na taj način, infekcije se mogu izbjeći. Pored toga, crijevna flora podržava razvoj imunog sistema, koji je na rođenju još uvijek nerazvijen.